Фамилия Ковалков образована от прозвища или ремесленного имени Ковалко. В основе лежит слово «коваль» — так в южных и западных областях Руси называли кузнеца. Суффикс -к-о в прозвище указывал на лицо по профессии или характерному занятию: Ковалко — тот, кто работает ковалем, кузнец. А уже фамильный суффикс -ов добавили по модели «чей?»: Ковалков — сын или потомок Ковалко.

Интересно, что Ковалков — не единственная фамилия от этого корня. Гораздо чаще встречаются Ковалёв (от «коваль») и Ковальчук (западнорусская модель с суффиксом -чук). Ковалков же — более редкий вариант, характерный для северных и центральных областей России, куда переселенцы принесли прозвище, а местная традиция добавила именно -ов, а не -ев или -ин.

Версия, что фамилия могла произойти от имени Ковал (как вариант от Кузьма или Коваль), маловероятна: имя Ковал не зафиксировано в святцах и обиходных именниках. Куда правдоподобнее прямая связь с ремеслом. Кузнецы на Руси были людьми уважаемыми и зажиточными, поэтому фамилии от их прозвищ распространены повсеместно, но каждая региональная форма — вроде Ковалков — несёт отпечаток местного говора и словообразования.