Прозвище Ковалка, от которого образована фамилия Ковалкина, напрямую связано с ремеслом кузнеца. В украинском, белорусском и многих южнорусских говорах «коваль» — это и есть кузнец. Суффикс -к- в основе Ковалка мог придавать прозвищу оттенок уменьшительности или указывать на молодого, подмастерья: Ковалка — буквально «маленький кузнец» или «сын кузнеца». Фамилия Ковалкина — женская форма, но её носительницы, как и мужчины с фамилией Ковалкин, ведут род от того самого человека, которого в округе знали под прозвищем Ковалка.

Сама фамилия Ковалкин (и её женский вариант) — типичная «патронимическая» модель на -ин, характерная для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. То есть это буквально «чей?» — сын (или дочь) Ковалки. В отличие от фамилий на -ов (Ковалёв, Кузнецов), которые распространены повсеместно, вариант с суффиксом -ин и основой на -лка встречается реже и чаще фиксируется в регионах, где было сильно влияние украинской или белорусской диалектной традиции — на юге России, в Курской, Воронежской, Ростовской областях.

Интересно, что прозвище Ковалка могло закрепиться не только за самим кузнецом, но и за его работником или даже за человеком с характерной внешностью или повадками, напоминавшими кузнеца. В ономастике известен параллельный ряд однокоренных фамилий: Коваль, Ковалёв, Коваленко, Ковальчук, Ковалкин. Все они восходят к одному ремеслу, но различаются по региону и способу образования. Фамилия Ковалкина — одна из самых редких в этом ряду, что делает её ценной для семейной истории: она точнее указывает на конкретную местную традицию именования.