Фамилия Ковалькова — женская форма фамилии Ковальков. В её основе лежит прозвище Коваль или Ковалёк. Это не просто случайное прозвище, а прямое указание на ремесло: в южных и западных регионах Руси «ковалем» называли кузнеца. Так что предок носителя этой фамилии был кузнецом, и профессия закрепилась за его потомками в виде родового имени.

Суффикс -ов в мужской форме Ковальков указывает на принадлежность: «сын Коваля» или «потомок Ковалька». Уменьшительная форма Ковалёк могла относиться к младшему кузнецу — подмастерью или сыну мастера. Такая модель образования (основа прозвища + суффикс -ов/-ев) типична для большинства русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках.

Среди известных носителей фамилии — Александр Александрович Ковальков (1826–1902), тайный советник из Петербурга. Его биография подтверждает, что к концу XIX века фамилия уже не ассоциировалась с ремеслом, а стала дворянской или чиновничьей. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс её закрепления шёл несколько столетий, и в разных ветвях рода он мог завершиться в разное время.