Фамилия Ковенский — классический пример географической фамилии, образованной по модели «название места + -ский». Такие фамилии в дворянской и духовной среде указывали на родовое владение, место рождения или службы предка. Основа здесь — топоним Ковно (историческое русское название города, который сейчас официально именуется Каунас, Литва). Суффикс -ский, характерный для польской и западнорусской традиции, превращает название города в фамилию: «тот, кто из Ковна» или «связанный с Ковно».

С географией, однако, не всё однозначно. Хотя логичнее всего связывать фамилию с литовским Каунасом, в Российской империи существовала и Ковенская губерния — административная единица, охватывавшая часть современной Литвы и Беларуси. Фамилию мог получить человек, переехавший из этих мест, или, что реже, выходец из одноимённого села Ковно (такие встречались, например, в бывшей Черниговской губернии). В любом случае, корень один — Ков-.

Словообразовательная модель проста: основа Ковен- (от прилагательного «ковенский» или напрямую от названия города через усечение) плюс фамильный суффикс -ский. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ко́венский, хотя в разговорной речи встречается и вариант на втором слоге — Кове́нский. Важный нюанс: фамилия не польская по суффиксу (там было бы Ковеньский или Ковенски), а именно русская или белорусская по адаптации, что говорит о её бытовании в среде православного или униатского населения.

В сословном плане носители фамилии Ковенский могли принадлежать к духовенству (семинарские фамилии часто давались по месту служения или учёбы) или к мелкопоместному дворянству, получившему фамилию по имению. Встречается она и у мещан — как указание на место, откуда предок приписался к городскому сословию. Фамилия редкая, не массовая, поэтому её носители, скорее всего, имеют общего предка, жившего не позднее XVIII века.

Если сравнивать с однокоренными — Ковенцев, Ковнин, Ковнов — то Ковенский стоит особняком: притяжательные суффиксы указывают на прозвище или отчество, а -ский — на топонимическую связь. Это значит, что предок Ковенского, вероятно, был не просто выходцем из Ковна, а человеком, чья семья ассоциировала себя с этим городом как с родовым гнездом, пусть и не обязательно дворянским.