Фамилия Ковкуто — редкая, и её происхождение стоит искать не в русском, а в украинском или белорусском языке. Её основа — «ковкут» или «ковкотать», что связано с глаголом «ковкотать» — кудахтать, издавать звуки, похожие на куриные. В украинских говорах «ковкут» или «кокот» — это петух, а «ковкута» — наседка. Таким образом, фамилию могли дать человеку по прозвищу Ковкута — либо за голос, напоминающий кудахтанье, либо за привычку суетиться и хлопотать, как курица вокруг цыплят.

Словообразовательная модель указывает на то, что перед нами фамилия без типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Окончание -о типично для украинских и белорусских фамилий, которые застыли в форме прозвища или именительного падежа (как Коваль, Шевченко, Ковкуто). В русской среде такую фамилию могли «обрусить», добавив суффикс, но этого не произошло, что говорит о её сравнительно позднем закреплении или о сохранении в среде, где украинская или белорусская речь была основной.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был человеком, получившим прозвище за характерный голос или поведение. В ономастике есть параллели: фамилия Кокотов (от «кокот» — петух) или Кудахтин. Ковкуто — более редкий вариант, сохранивший исходную звуковую форму. Географически фамилия встречается в основном на Украине, особенно в центральных и западных областях, а также среди потомков украинских переселенцев в России.

Спорных версий здесь немного. Связь с тюркскими корнями маловероятна — слово звучит как славянское звукоподражание, не имеющее аналогов в тюркских языках. Также не стоит путать её с фамилией Ковтун (от «ковтун» — спутанные волосы) — это разные корни и разная семантика. Ковкуто — фамилия, которая прямо говорит о прозвище, данном за голос или манеру поведения, и не требует сложной реконструкции.