Фамилия Ковыржонок — редкий образец белорусской модели фамилии с уменьшительным суффиксом -онок. В белорусской и украинской традициях этот суффикс (а также -ёнок, -онок) указывал на молодое существо или потомка: буквально «сын такого-то» или «детёныш». В русских фамилиях такая форма встречается реже, чаще в северных и сибирских говорах, но для Беларуси и западных областей России — характерна.

Основа фамилии — «ковырж» или «ковырь». Скорее всего, это прозвище человека, связанное с глаголом «ковырять». В диалектах «ковыря» — непоседа, тот, кто постоянно копается, возится с мелкими делами, или же человек с беспокойным, дотошным характером. В некоторых говорах «ковырь» — это и инструмент для ковыряния (например, шило или кочерга), но как прозвище оно чаще давалось по поведению, а не по ремеслу.

Есть и менее вероятная версия — от топонима. В Беларуси встречаются деревни с названием Ковыри (в Витебской области), оттуда мог выйти человек, которого в новой местности прозвали Ковырь, а его сын стал Ковыржонком. Но суффикс -онок в основе обычно прирастает к прозвищу, а не к названию места — так что версия с характером убедительнее.

Встречаемость фамилии очень низкая. Основной ареал — Гомельская и Могилёвская области Беларуси, а также приграничные районы Брянской области России. В дореволюционных переписях и метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется — возможно, из-за того, что носители были крестьянами и не оставили следов в дворянских родословных книгах.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с «ж» в середине. В современном белорусском языке «ковырять» звучит как «кавыраць», но вариант «ковырж» мог возникнуть под влиянием западнорусских говоров, где чередование р/рж встречалось чаще (ср. «говор» — «говоржун»). Таким образом, Ковыржонок — не просто «сын ковыри», а потомок человека с редким диалектным прозвищем, которое почти исчезло из живой речи.