Фамилия Койшман — один из примеров влияния немецкого языка на русскую ономастику. Её основа — сложение двух корней: «койш» и «ман». Первый компонент восходит к немецкому прилагательному keusch (в устоявшейся русской передаче — «койш»), которое значит «чистый». Второй — к слову Mann («человек, мужчина»). Буквально фамилия означает «чистый человек».

Скорее всего, Койшман изначально было не фамилией, а личным прозвищем. Его мог получить человек за аккуратность, опрятность, а также за целомудренность или правоверность — слово keusch в немецком имеет и оттенок моральной чистоты, непорочности. Такие прозвища часто давали в среде немецких колонистов, которые селились в России с XVIII века, особенно в Поволжье и на юге страны. Позже прозвище закрепилось как фамилия.

Фамилия образована по продуктивной для немецких фамилий модели «признак + человек» (ср. Гутман — «добрый человек», Вайсман — «белый человек»). В русском языке она сохранила исходное звучание без перевода, что указывает на относительно позднее и осознанное закрепление в документах. Других версий происхождения, например, от славянских корней, не существует — фамилия однозначно немецкая.