Фамилия Козаненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по одной из самых продуктивных моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках в Поднепровье означал «сын» или «потомок»: Козаненко — буквально «сын Козана». Основа здесь — не имя, а прозвище Козан, которое, в свою очередь, связано со словом «козан». В украинских говорах «козан» имело два значения: либо «козёл» (кастрированный самец), либо «кожаный кошелёк» (от тюркского kozan — кожаный мешок). Первый вариант — прозвище по характеру, внешности или поведению (упрямый, бодливый, похотливый человек) — куда правдоподобнее второго, так как прозвища от названий животных в народной среде были обычным делом.

Интересно, что фамилия Козаненко не единственная в своём роде. В Украине и южной России встречаются параллельные формы: Козан, Козанов, Козаневич, Козанюк. Сравнение с ними показывает, что основа «Козан-» была довольно распространённой, но именно суффикс -енко закрепил её за потомками конкретного человека, жившего, вероятно, на территории современной Полтавской, Черкасской или Киевской области — классическом ареале фамилий на -енко. Сословно такие фамилии чаще всего принадлежали казакам или крестьянам, реже — мещанам. Дворянских родов Козаненко в Российской империи не зафиксировано, что косвенно подтверждает народное происхождение.

Редкий случай: в некоторых говорах «козан» могло означать и «игрок в бабки» (от названия костяной игральной кости — «козан»). Если прозвище дали азартному человеку, то это третья, менее вероятная, но возможная версия. Однако большинство ономастов склоняются к «животному» корню: прозвища от «козла» встречаются в десятках славянских фамилий (Козлов, Козленко, Козарев), и Козаненко — лишь вариация на ту же тему, с характерным южнорусским суффиксом.