Фамилия Кожирнов — редкого суффиксального типа. В ней выделяется основа «кожирн-» и типичный русский фамильный суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?»). Но само слово «кожирн» в современном языке не встречается — это либо искажённая форма древнего прозвища, либо диалектное слово, выпавшее из обихода.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «кожир» (варианты: козырь, кожыр), который в южнорусских говорах означал «упрямый, своенравный человек» или «задира». В таком случае прозвище Кожирн (с усечением или диалектным окончанием) дали человеку с крутым нравом, а его потомки стали Кожирновыми. Подтверждение этой гипотезе — фамилия Кожирнов встречается преимущественно в регионах, где исторически было сильное татарское и башкирское влияние: в Оренбуржье, Башкортостане, на юге Урала.

Менее убедительная версия выводит фамилию от слова «кожа» — якобы предок мог быть кожевником или торговцем кожей. Однако суффикс «-ирн» нехарактерен для русских ремёсел (обычно: Кожевников, Кожемякин). Скорее всего, это народная этимология, возникшая из-за внешнего сходства с «кожей».

Стоит отметить, что фамилия Кожирнов — не просто редкая, а почти исчезнувшая. По данным переписей, её носителей насчитывается не более нескольких десятков семей, и все они, судя по архивным записям XIX века, были крестьянами государственными (не крепостными) из юго-восточных губерний. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Кожирнов — это фамилия-прозвище, скорее всего тюркского происхождения, закрепившаяся за потомками упрямого или задиристого человека из простонародья. Её редкость и региональная привязанность делают её своеобразным маркером уральской или оренбургской родословной.