Фамилия Кожирова — женская форма, образованная от мужской Кожиров. В основе лежит тюркское слово «кожыр» или «кажыр», которое в ряде языков (казахском, башкирском, татарском) означает «упрямый», «неподатливый», «строптивый». Прозвище Кожир могли дать человеку с трудным, неуступчивым характером. Модель образования проста: к основе Кожир добавили патронимический суффикс -ов, который в русской традиции закрепился за фамилиями нерусского происхождения, вошедшими в обиход через крещение или делопроизводство.

Есть и вторая, менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным глаголом «кожирить» — в некоторых южнорусских говорах так говорили о человеке, который «корчит из себя важного», ведёт себя заносчиво. Если это так, то прозвище могло возникнуть и в русской среде, но тогда фамилия должна была бы писаться через «а» в корне — Кажиров. Форма с «о» указывает на тюркский источник.

Фамилия встречается в основном у народов Поволжья и Приуралья — у татар, башкир, а также у казахов, где она нередко бытует без суффикса, в виде Кожир. В русских документах XIX века Кожировы фиксировались среди крестьян Оренбургской и Уфимской губерний — вероятно, это были крещёные татары или башкиры, принявшие русскую фамильную модель.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кадыров, Кажаров — показывает, что Кожирова стоит особняком: в ней нет арабского корня «кадр» (судьба, могущество), а есть чисто бытовая характеристика. Это редкий случай, когда прозвище, а не имя или титул, стало основой фамилии у тюркских народов.