Фамилия Кожмуратова — нечастая, но прозрачная по составу. Её основа — мужское имя или прозвище Кожмурат. В нём легко угадываются два тюркских корня: «кож» (в разных тюркских языках — «кожа», «шкура», «мех») и «мурат» (арабское имя Мурат, означающее «желанный», «цель»). Буквально имя можно перевести как «желанная кожа» или «ценный мех». Такие составные имена-пожелания были распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов: родители могли назвать сына Кожмуратом, желая ему богатства, которое в кочевой или полукочевой среде часто измерялось количеством скота и качеством шкур.

Женская форма Кожмуратова — это не исходная фамилия, а вариант, закреплённый за женщинами. Мужская форма, соответственно, Кожмуратов. Фамилия образована по стандартной русской модели: к тюркскому имени-основе добавили патронимический суффикс -ов (в женском варианте -ова). Это типичный случай, когда фамилия фиксировала имя отца или прямого предка: Кожмуратовы — потомки человека по имени Кожмурат.

Географически фамилия тяготеет к Южному Уралу и Поволжью, особенно к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. В этих регионах тюркские имена с корнем «кож» (Кожбай, Кожмухамет) встречаются в документах XVII–XIX веков. Интересно, что в отличие от фамилий на -ин, которые в русской традиции чаще образовывались от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь присоединили к имени, оканчивающемуся на твёрдый согласный. Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, при переписях или метрических записях, когда имя Кожмурат воспринималось как полноценная основа, а не как прозвище.

Сословная принадлежность первых Кожмуратовых могла быть разной. Среди носителей тюркских фамилий на Южном Урале были и государственные крестьяне, и тептяри, и башкиры-вотчинники. Точных данных о конкретном роде Кожмуратовых в открытых источниках мало, но сама модель фамилии указывает на то, что предок был человеком заметным в своей общине — имя Кожмурат не относилось к разряду самых распространённых, а значит, выделяло носителя.