Фамилия Кожураткина — редкий пример, где суффикс, а не корень, рассказывает о происхождении больше, чем само прозвище. На первый взгляд основа «кожур» намекает на кожуру — корку, шелуху, то, что счищают. Но приглядимся к форманту: -аткин (женский вариант -аткина) — это не стандартный русский суффикс. В русской ономастике фамилии на -аткин, -откин, -уткин обычно имеют украинское или белорусское происхождение. В этих языках суффикс -атк- (а также -енк-, -ук-, -юк-) характерен для фамилий, образованных от прозвищ или профессий. Таким образом, Кожураткин — это русифицированная форма исходной украинской или белорусской фамилии Кожуратка, которую на русской почве «подогнали» под привычную модель с суффиксом -ин.

Само прозвище Кожура (или Кожуратка) могло возникнуть в двух контекстах. Первый — бытовой: кожурой в южных и западных говорах называли не только корку, но и, например, кожух (тулуп), а также человека, который носит или чинит кожухи. Второй — ироничный: «кожурой» могли прозвать того, кто постоянно что-то чистит, лущит, или же обладателя грубой, «корявой» кожи. Версия с ремеслом (скорняк, кожевник) выглядит убедительнее, так как в украинских фамилиях на -ата/-аткин часто фиксируются профессиональные прозвища.

Географически фамилия Кожураткина (и мужской вариант Кожураткин) тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современным Украине, Белоруссии, а также к югу России (Курская, Воронежская области), где смешение диалектов давало такие формы. Встречается она редко, что указывает на локальное, возможно, даже односельское происхождение: фамилия могла закрепиться за одной семьёй в конкретном селе и не распространиться широко.

В написании с буквой «т» (Кожураткина) прослеживается характерная черта: уменьшительный суффикс -атк- придаёт прозвищу оттенок «сын Кожуры» или «маленький Кожура», что типично для украинской модели образования фамилий от личных прозвищ (ср. Кожухаренко, Кожуховский). Итоговая фамилия — это не просто «относящийся к кожуре», а скорее «потомок того, кого звали Кожурой», причём предок, вероятно, имел дело с кожей или кожухами.