Фамилия Козишников — один из тех случаев, когда на слух основа кажется очевидной, а на деле упирается в странный суффикс. В ней слышится «коза» или «козёл», но между корнем и стандартным патронимическим суффиксом -ов вклинивается -шник-. Именно этот элемент — ключ к разгадке.

Суффикс -шник в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к какому-то занятию или месту: «калашник» (пекарь калачей), «балалаечник», «огородник». Но в основе Козишников лежит не профессия, а прозвище. Скорее всего, прозвище Козишник получил человек, имевший отношение к козам — пастух, торговец козьим пухом или молоком, а возможно, просто упрямый или бодливый по характеру. Модель образования проста: прозвище Козишник → «сын Козишника» → Козишников.

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от неканонического имени Козиш, которое могло быть уменьшительной формой от Козьма (Кузьма) через диалектное Козьма → Козя → Козиш. Однако для «чистого» отчества от имени ожидался бы суффикс -ин (Козишин), а не -шник, так что прозвищная версия убедительнее.

Фамилия редкая и географически локализованная. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, где было развито козоводство и где фамилии с суффиксом -шников встречаются чаще, чем в средней полосе. В документах XVII–XVIII веков такая форма не фиксируется, что указывает на относительно позднее оформление — скорее всего, в среде однодворцев или государственных крестьян южных окраин.

В написании фамилии возможна путаница с более частотной Козюшников (от Козюля — змея или прозвище) или Козиншников, но исходный корень у Козишникова один — коза. Носителям фамилии стоит учитывать, что их предки, вероятно, были не знатного, а самого простого, сельского происхождения, и прозвище закрепилось за родом именно по роду занятий.