Фамилия Козлотрони — это случай, когда прозвище сложили из двух слов, причём не по-русски, а по-итальянски. Первая часть «козло» — русская, вторая «трони» — итальянская. По-итальянски «troni» означает «троны». В буквальном, бытовом смысле «козлотрон» — это «козлиный трон», то есть сиденье, на котором сидит козёл. Фамилия редкая и на слух звучит почти как итальянская, но по сути это народная шутка, закреплённая в документе.

Скорее всего, фамилию дали не самому носителю, а его предку — возможно, крестьянину или ремесленнику, который чем-то напоминал козла или имел с ним дело, а «трон» добавили для насмешки, как бы возводя его в высокий, но нелепый чин. В русской традиции XVIII–XIX веков такие составные прозвища, особенно с иноязычными элементами, могли возникать в среде, где было модно или иронично вставлять иностранные слова. Встречаются и похожие примеры: Козлодоев, Козловский, но Козлотрони стоит особняком.

Фамилия могла закрепиться в южных или западных губерниях Российской империи, где было больше контактов с итальянцами (например, через архитекторов или строителей), но точной географической привязки нет. В современных базах данных эта фамилия встречается единично, что подтверждает её уникальный, почти окказиональный характер.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: что «трони» — это искажённое «трои» (от греческого «троицкий»), но тогда фамилия звучала бы как Козлотроицкий. В любом случае, основа — прозвище, а не имя святого или профессия. Козлотрони — это не географическое название и не отчество, а прямая насмешливая характеристика, которую дали человеку и которая через поколения стала фамилией.