Фамилия Козляковская образована по типичной для восточнославянских фамилий модели: к основе Козляк- добавился суффикс -овск- и окончание -ая, указывающее на женский род (мужской вариант — Козляковский). Такая форма с суффиксом -ский/-цкий чаще всего встречалась у польской и украинской шляхты, а также у духовенства, но со временем распространилась и среди других сословий. Это сразу отличает её от более простых по форме фамилий вроде Козлов или Козлякиных.

Слово, лёгшее в основу, — прозвище Козляк. У него два основных объяснения, и оба одинаково правдоподобны.

Первое: Козляк — это народное название гриба-моховика, который встречается в лиственных и смешанных лесах. В этом случае прозвище мог получить заядлый грибник или человек, который торговал грибами. Такие «грибные» прозвища не редкость: вспомните Боровика, Опёнкина или Рыжикова.

Второе: Козляк — уменьшительная форма от слова «козёл». В древнерусской традиции имя Козёл (и его производные, вроде Козляка) относилось к охранительным, или обережным, именам. Считалось, что если назвать ребёнка «козлиным» именем, то злые духи не позарятся на него, а сам он перенимает от животного жизненную силу и упрямство. Подобные имена (Волк, Медведь, Заяц) были широко распространены до XVII века.

Прозвище Козляк со временем закрепилось как фамильное имя — сначала за главой семьи, а потом и за всем его родом. Фамилия Козляковская встречается в основном в западных и центральных регионах бывшей Речи Посполитой, что подтверждает её шляхетское происхождение. Встречаются также варианты написания Козляковский и Козляковска, что связано с особенностями польской и украинской фонетики.