Фамилия Козьмекно — редкий пример, где в одной основе соединились имя и ремесло. Первая часть происходит от канонического имени Козьма (в просторечии Кузьма). Вторая часть — «екно» — это диалектный вариант слова «окно». Вместе получается «Козьмино окно» или «окно Козьмы».

Скорее всего, так в народе прозвали человека, который жил в доме с приметным окном — возможно, единственным на всю улицу, выходящим на определённую сторону, или окном необычной формы. Прозвище закрепилось за ним, а затем перешло к потомкам. Модель образования фамилии — сложение основ, что для русских фамилий встречается реже, чем суффиксальный способ. Обычно такие сращения давали прозвища, а уже от них возникала фамилия на -ов или -ин, но здесь прозвище само стало фамилией без дополнительного суффикса. Это указывает на её позднее оформление и, возможно, на происхождение из среды, где фамилии ещё не устоялись — крестьянской или мещанской.

Географически фамилия привязана к западнорусским и белорусским говорам, где форма «екно» (вместо литературного «окно») встречается до сих пор. В центральной России сказали бы «Кузьмино окно», а на западе — «Козьмекно». Фамилия почти не встречается за пределами бывших западных губерний Российской империи, что подтверждает её локальный характер.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить, что «екно» — искажённое «егно» (от «егнить» — гнить), но это маловероятно: вторая часть фамилии прозрачна и не требует натяжек. Правдоподобнее всего бытовое прозвище по дому, а не по занятию — «оконных дел мастер» назывался бы стекольщиком или плотником, а не «Козьмекном».