Фамилия Козоря — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные фамильные суффиксы. Оканчивается она на -я, что характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, образованных напрямую от прозвища (сравните: Голова, Мазепа, Шевченко — через патронимический суффикс, но с той же основой).

Основа Козор- с большой вероятностью восходит к диалектному слову «козоря». В южнорусских и украинских говорах так называли козу, иногда — бойкую, капризную девушку. Прозвище могли дать человеку с упрямым, своенравным характером или с внешним сходством: козлиная бородка, худощавость, резкие движения. Вторая версия — от глагола «козориться» (ломаться, важничать, капризничать). Тогда Козоря — это «тот, кто козорится», то есть ведет себя заносчиво или привередливо.

Менее вероятна, но встречается в ономастике версия о связи с тюркским «коз» (глаз) или «козур» (слепой, косой). Однако для фамилии Козоря такое объяснение натянуто: тюркские заимствования в русских прозвищах обычно оставляют более узнаваемые следы (Козлов, Козырёв). Здесь же основа выглядит исконно славянской, с характерным для юга уменьшительно-пренебрежительным окончанием -я.

Географически фамилия тяготеет к Украине и прилегающим областям России (Курская, Белгородская, Ростовская). В дореволюционных метриках Козоря встречается среди крестьян и казаков — прозвище явно не дворянское, бытовое. Фамилия не получила широкого распространения, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки Козоря, скорее всего, они жили компактно в одном регионе, и найти их в документах XIX века будет проще, чем носителей массовых фамилий.

Таким образом, Козоря — это украинская или южнорусская фамилия-прозвище, образованная без суффикса, напрямую от слова, означающего «коза» или «капризный человек». Предки носителя, вероятно, были крестьянами или казаками, а прозвище отражало либо черту характера, либо внешнюю особенность.