Фамилия Козызаев — редкий пример того, как тюркская огласовка и арабская письменная традиция слились в русском суффиксе. Её основа — личное именование Козызай, и у него есть две основные версии происхождения, обе глубоко уходят в исламский мир.

Первая и наиболее вероятная версия связывает Козызай с арабско-персидским именем Газизян или Газиджан. Это составное имя: «гази» (с арабского — борец за веру, победитель) и «джан» (с персидского — душа, человек). В сумме имя означает что-то вроде «победитель в войне» или «душа борца». Имя Газизян также известно как один из эпитетов Аллаха. Переход «Газиджан» в «Козызай» — типичная народная адаптация: звук «г» оглушился до «к», а сложное окончание упростилось до привычного для тюркских языков «-зай».

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, выводит Козызая из арабского слова «кази» — шариатский судья. В исламской иерархии кази стоит выше имама мечети и выносит решения на основе самостоятельного толкования Корана и Сунны. В этом случае прозвище могло указывать на род занятий предка или на его авторитетного, справедливого по характеру человека.

Суффикс «-ев» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: это «сын Козызая» или «из рода Козызая». Фамилия зафиксирована в Сибири: в Книге памяти Томской области есть запись о Козызаеве Викторе Ивановиче 1924 года рождения, уроженце Алтайского края. Это подтверждает, что фамилия бытовала среди переселенческих групп, где смешивались тюркские, татарские и казахские корни с русской документальной традицией.