Фамилия Краковер — нечастая, с заметным географическим и культурным следом. Её основа — топоним Краков: так называется один из старейших городов Польши. Суффикс -ер в русских фамилиях встречается редко, он характерен для фамилий еврейского происхождения, особенно ашкеназского. В идише и немецком суффикс -er означает «житель» или «выходец»: Краковер — «тот, кто из Кракова». Такая модель типична для фамилий, которые давали переселенцам по месту, откуда человек прибыл.

Поэтому первая и самая вероятная версия: предок носителя фамилии Краковер жил в Кракове или его окрестностях, а затем переехал в другой регион, где и получил это прозвище-определитель. Фамилия могла закрепиться в среде польских евреев, которые мигрировали на восток — на территорию современной Украины, Белоруссии, а позже и в центральную Россию. В Российской империи такие фамилии часто фиксировали при переписях и в метрических книгах именно в еврейских общинах.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с польским словом krakowianin — «житель Кракова». Но фамилия Краковер не является прямой калькой с польского, её форма явно указывает на немецко-идишский суффикс. В польской ономастике встречаются фамилии вроде Krakowski или Krakowiak, но Краковер — это другой словообразовательный ряд.

Географически фамилия встречается в основном в России, на Украине, в Беларуси и среди выходцев из этих стран в Израиле и США. В дореволюционных документах она могла записываться с вариантами: Краковер, Краковеръ, иногда Краковерн — последнее характерно для канцелярских искажений.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству: её носители в XIX веке были в основном мещанами, ремесленниками, торговцами. Специфического ремесла или прозвища, которое бы дало фамилию, здесь нет — всё сводится к географическому указателю. По сути, Краковер — это фамилия-паспорт, которая сообщает, откуда родом человек, а не чем он занимался.