Фамилия Кракшина — женская форма, мужской вариант — Кракшин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: чей? — сын Кракши. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Кракша.

Кракша — это древнерусское слово, сохранившееся в диалектах. В словаре Даля «кракша» — это «кряква», дикая утка, а также «неуклюжая, неповоротливая женщина» (от глагола «кракшить» — кряхтеть, охать). В псковских и тверских говорах «кракша» означает «крикунья» или «плакса». Таким образом, прозвище могло относиться к человеку с громким голосом, медлительному или внешне напоминавшему утку.

Интересно, что слово «кракша» имеет и другое значение — в некоторых областях так называли «корягу», «сучковатое дерево». В этом случае прозвище могло быть связано с внешностью (сутулый, коренастый) или родом занятий (например, человек, работавший с корявым лесом).

Встречается фамилия Кракшины в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там же бытует и однокоренная фамилия Крякшин, что подтверждает связь с диалектным произношением слова «утка». В отличие от более распространённых фамилий на -ов, суффикс -ин здесь указывает на древнюю модель, характерную для прозвищ, а не для профессиональных названий. Первые носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по характерному признаку поведения или внешности.