Фамилия Крапчин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединился не к основе на -а или -я, а прямо к корню, что сразу выдает её нестандартное происхождение. По правилам русской антропонимии фамилии на -ин обычно образуются от слов женского рода (Сорокин — от сорока) или от прозвищ, оканчивающихся на гласный (Путя — Путин). Здесь же основа Крапч- явно мужская, и это наводит на мысль, что перед нами не фамилия по отцу, а фамилия по прозвищу, которое застыло в форме притяжательного прилагательного.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «крапчатый», то есть рябой, покрытый крапинками, веснушками. В русских говорах «крапча» или «крапчик» могли называть человека с заметными пятнами на лице или коже. Если прозвище звучало как Крапча, то его сын становился Крапчиным, но со временем фамилия могла упроститься до Крапчин — отсечением конечного гласного, что иногда случалось при переписях или в устной речи. Альтернативная версия — связь с глаголом «крапать» (моросить, капать), но тогда прозвище относилось бы к человеку медлительному или нудному, что менее убедительно для фамилии.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где диалектное слово «крапчатый» было в ходу. Встречается она редко, и это говорит о том, что её носители не были многочисленным родом, а скорее происходили из одной локальной группы. Сословная принадлежность неочевидна: в XIX веке Крапчины могли быть как крестьянами, так и мещанами, но дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сравнение с однокоренными фамилиями — Крапивин (от растения) или Краповицкий (польского типа) — показывает, что Крапчин стоит особняком: в нём нет ни растительной метафоры, ни географического суффикса, только чисто внешняя примета предка.