Фамилия Крапотухин — редкий пример, где за основу взято не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище по внешности или поведению. В её основе лежит диалектное слово «крапотуха» — так в некоторых говорах называли рябую, веснушчатую женщину (от «крапать» — покрываться пятнышками, крапинками). Мужское прозвище Крапотуха, от которого и пошла фамилия, могли дать либо мужчине с заметными веснушками, либо, что встречалось реже, человеку с неровной, «пятнистой» кожей после болезни. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Крапотухина, то есть сын Крапотухи.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Если бы фамилия образовалась от мужского прозвища с типичным суффиксом -ух (как Крикуха, Молчуха), мы бы ждали форму Крапухин. Однако «Крапотухин» содержит вставку -от-, что может быть следствием глагольной основы «крапотать» (говорить сбивчиво, тараторить, или, по другой версии, делать что-то небрежно, «крапать» в переносном смысле). В таком случае Крапотуха — не просто «рябой», а «тот, кто говорит быстро и невнятно» или «работает кое-как». Оба значения — внешнее пятно и торопливая речь — могли сосуществовать в одном прозвище: рябого человека дразнили не только за лицо, но и за манеру говорить.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектные слова с корнем «крап-» были особенно распространены. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли свой говор. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по отцу-землевладельцу или ремесленнику, Крапотухины — это потомки крестьян или посадских людей, чьё прозвище записали в переписной книге без всякого социального возвышения. Сословный статус у такой фамилии был однозначно низкий: прозвище давали соседи, а не начальство.

В ономастических справочниках фамилия не упоминается среди частых, но её однокоренные «родственники» — Крапивин (от крапивы), Крапильщиков (от ремесла) — хорошо известны. Крапотухин стоит в этом ряду особняком именно из-за нестандартного суффиксального оформления и двойной семантики: нельзя с уверенностью сказать, то ли предок был ряб, то ли тороплив. Такая неопределённость — не недостаток, а как раз та деталь, которая отличает эту фамилию от десятков других «пятнистых» прозвищ.