Фамилия Крапотин образована от прозвища Крапота, а оно, скорее всего, восходит к глаголу «крапать». В словаре Даля это слово означает «окроплять, брызгать, обрызгивать, обдавать каплями, покрывать крапинами, наносить крап». Отсюда первая версия: прозвище мог получить игрок, который помечал крапом карты. Вторая версия — бытовая: Крапотой называли ребёнка, родившегося в дождливую погоду, когда «крапал» дождик.

Есть и третья, менее очевидная гипотеза. Она связывает прозвище Крапота с нарицательным «крапошки» — так в некоторых говорах называли обувь на босую ногу, босовики. Если так, то прозвище могло закрепиться за человеком, который имел привычку носить такую обувь или, возможно, шил её. Из трёх версий первые две выглядят правдоподобнее — слово «крапать» и его производные встречаются в русских говорах чаще, чем «крапошки».

Прозвище Крапота со временем легло в основу фамилии по стандартной модели: к основе на -а добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Крапоты). Так и получился Крапотин.

Фамилия встречается в разных регионах, что подтверждают документальные источники. В Книге памяти Амурской области упоминается Владимир Игнатьевич Крапотин, родившийся в 1881 году в Удмуртии. В Книге памяти Московской области — Герасим Дмитриевич Крапотин, родившийся в 1872 году в деревне Лысцево Коломенского района. В документах Ивановской области есть сведения о Владимире Михайловиче Крапотине, родившемся в 1933 году в Магнитогорске. Такая география — от Удмуртии до Подмосковья и Урала — говорит о том, что фамилия не была узко локальной, а распространилась довольно широко.