Фамилия Крапоткина представляет собой фонетический вариант фамилии Кропоткина, которая ведёт начало от прозвища Кропотка. Кропоткой в старину называли неугомонных людей. Таким образом, прозвище Кропотка указывает на особенности поведения предка. Также возможна связь прозвища Кропотка с глаголом «кропотать», то есть «хлопотать, заботиться, суетиться, возиться», «ворчать, брюзжать, сердиться, браниться». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Кропотка получил хлопотун, человек заботливый, суетливый или же ворчливый и часто выражающий своё недовольство.. Менее вероятна связь прозвища Кропотка с глаголом «кропить» - «окроплять, брызгать, обрызгивать». То есть прозвище Кропотка относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род занятий человека. В данном случае Кропоткой могли называли карточного шулера, который помечал крапом карты. Согласно другой гипотезе, в основе прозвища Кропотка лежит слово «кропкий», то есть «ломкий, хрупкий». В таком случае прозвище Кропотка мог получить худой низкорослый человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кропотка, со временем получил фамилию Крапоткина.