Фамилия Кропотухин — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища через суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — кропотухин, то есть сын или потомок Кропотухи. Модель простая и распространённая: от прозвища на -а, -я отсекали окончание и прибавляли -ин.

Прозвище Кропотуха, лёгшее в основу, звучит неоднозначно. Самая прямая версия — от глагола «кропотать», то есть хлопотать, заботиться, суетиться. В словарях Даля и Фасмера «кропотать» означает «хлопотать, возиться, делать мелкую работу». Кропотухой в старину называли неугомонного, хлопотливого человека, вечно занятого делами. Это прозвище по характеру — давали тому, кто суетился и не сидел на месте.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с глаголом «кропить» — окроплять, брызгать. В этом случае прозвище могло стать профессиональным именованием. Есть версия, что Кропотухой называли карточного шулера, который помечал (крапил) карты особым способом. Однако такое толкование реже встречается в ономастике, поскольку суффикс -уха (как в «кропотуха») чаще образует прозвища по действию или черте характера: вертуха, болтуха, ворчуха. Версия с «кропотать» выглядит убедительнее и проще.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду однокоренных: Кропотов, Кропоткин. Если Кропотов и Кропоткин явно связаны с тем же «кропотать» (кропотливый, кропотун), то Кропотухин — более редкий вариант, где прозвище получило уменьшительно-пренебрежительный оттенок на -уха. Такая форма характерна для северных и центральных говоров, где -уха активно использовалось для прозвищ по поведению.

Встречаемость фамилии невысокая, географически она тяготеет к центральным областям России, особенно к бывшим Владимирской и Костромской губерниям, где «кропотать» было в ходу. Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается отсутствием в списках столбового дворянства.

Таким образом, Кропотухин — это потомок человека по прозвищу Кропотуха, а прозвище, скорее всего, получил хлопотун и суетливый человек.