Фамилия Кропотухина — женская форма фамилии Кропотухин. Её основа — прозвище Кропотуха, которое в старину давали неугомонным людям. Слово «кропотуха» напрямую связано с глаголом «кропотать»: хлопотать, заботиться, суетиться, возиться. Значит, Кропотухой могли прозвать человека заботливого, вечно занятого делами, хлопотуна. Прозвище указывало на особенность поведения предка — его беспокойный, деятельный характер.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с глаголом «кропить» — окроплять, брызгать. В этом случае прозвище могло относиться к «профессиональным» именованиям. Кропотухой называли карточного шулера, который помечал карты крапом, то есть «кропил» их. Однако эта версия уступает первой по правдоподобию: диалектное «кропотать» шире распространено в народной речи, а значение «хлопотун» более естественно для прозвища, чем узкое шулерское.

Сама фамилия образована по стандартной модели: к основе Кропотух- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего происходят от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я. Так Кропотуха превратилось в Кропотухин — «сын Кропотухи». Со временем фамилия закрепилась за потомками и передавалась по наследству, а для женщин появилась форма Кропотухина.

Фамилия редкая, её географическое бытование узкое. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где диалектный глагол «кропотать» был в ходу. В отличие от массовых фамилий на -ов, Кропотухин сохраняет прямую связь с живым прозвищем, а не с крестильным именем или названием профессии. Это делает её ценным источником семейной истории: по фамилии можно судить, что предок выделялся среди окружающих своим деятельным, неуёмным нравом.