Фамилия Кропотухины происходит от прозвища Кропотуха, которое в старину давали неугомонным, суетливым людям. Основа прозвища — глагол «кропотать», то есть «хлопотать, заботиться, суетиться, возиться». Таким образом, Кропотухой называли хлопотуна, человека заботливого и деятельного. Менее вероятная, но всё же возможная версия связывает прозвище с глаголом «кропить» — «окроплять, брызгать». В этом случае Кропотуха могло быть профессиональным именованием карточного шулера, который помечал крапом карты. Однако основная и наиболее правдоподобная версия — указание на особенности поведения, а не на род занятий.

Суффикс -ин в фамилии Кропотухин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кропотухи. Такая модель образования типична для русских фамилий, произошедших от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что в говорах встречается и вариант «кропотун» — с тем же значением суетливого человека, что подтверждает распространённость этого корня в народной речи. Встречаются и однокоренные фамилии: Кропотов, Кропоткин.

Фамилия Кропотухины — нечастая. Её носители встречаются в разных регионах России, но без серьёзных генеалогических изысканий невозможно точно определить, в какой местности прозвище впервые закрепилось как фамильное имя.