Фамилия Крапунова — женская форма мужской фамилии Крапунов. Её основа — прозвище или мирское имя Крапун. В русской ономастике суффикс -ун часто указывал на человека, склонного к какому-то действию или обладающего яркой особенностью: говорун, молчун, бегун. Крапун, скорее всего, образован от глагола «крапать» — падать мелкими каплями, идти частому дождю. В переносном смысле так могли назвать человека, который делает что-то медленно, понемногу, «капает» на нервы, или же того, кто покрыт крапинами, веснушками — то есть «крапленый» (от слова «крап» — мелкое пятно, брызги).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «крапун» в значении «скряга» или «крохобор»: от «крапать» в смысле экономить, собирать по капле. В любом случае, прозвище носило бытовой, неофициальный характер и закрепилось за одним человеком, а затем перешло к его потомкам.

Фамилия не относится к числу распространённых. Она встречается в центральных и северных областях России, но чаще всего — на территории бывшего Владимирского княжества и в Поволжье. География подсказывает, что предки Крапуновых были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми. Суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на типичную модель образования русских фамилий в XVI–XVII веках: «чей?» — «сын Крапуна», то есть Крапунов.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь использован суффикс -ов, что говорит о мужской основе на твёрдый согласный (Крапун). Если бы прозвище звучало как Крапуня, фамилия была бы Крапунин. Эта деталь — различие суффиксов — помогает отличить Крапуновых от возможных однофамильцев с похожей, но иной основой.

Сравните с однокоренными фамилиями: Крапивин (от «крапива»), Крапчатый (от прилагательного). Крапунов стоит особняком — его корень не столько растительный, сколько звукоподражательный или описательный. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не столько профессию или имя, сколько бытовую черту или манеру поведения далёкого предка.