Фамилия Краснеев образована от прозвища Красней, а оно, в свою очередь, — от прилагательного «красный». В вятских говорах Краснеем могли прозвать румяного, краснощёкого человека. Однако «красный» в старину значило не только цвет, но и «красивый», «лучший», «парадный». Поэтому прозвище могло указывать не столько на оттенок кожи, сколько на стать, видность или даже удаль — например, «красный молодец».

Модель фамилии проста и прозрачна: к основе Красней прибавили типичный русский суффикс принадлежности -ев, указывающий на сына или потомка. То есть Краснеев — буквально «чей?» — сын Краснея. Такая словообразовательная схема (прозвище на -ей + -ев) встречается реже, чем, скажем, патронимы на -ов, и делает фамилию заметной среди однокоренных: Краснов, Красин, Красков. Если Красновых по России тысячи, то Краснеевых — единицы, и это говорит о локальном бытовании исходного прозвища.

Географически фамилия тяготеет к северным и вятским землям — именно там диалектное «красней» было в ходу. Никакого отношения к слову «краснеть» или глагольной форме она не имеет: перед нами типичный патроним от прозвища, а не отвлечённое прилагательное. В документах XVI–XVII веков прозвище Красней встречается среди крестьян и посадских людей, так что предки носителя фамилии, скорее всего, были незнатного происхождения — их выделила меткая народная кличка, а не сословная привилегия.