Фамилия Краснинская — типичный пример «географической» фамилии, образованной от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск-. Такие фамилии в дворянской и духовной среде были особенно распространены: они указывали на родовое поместье или место, откуда происходил священник. В основе фамилии — топоним Красное или Красная (деревня, село, слобода), а суффикс -ин- здесь играет роль дополнительного притяжательного элемента, который встречается реже, чем просто Краснский, но встречается в вариантах типа Краснинский.

Вероятный исходный топоним — Красное, которых в России десятки: от сёл в Рязанской и Тверской губерниях до хуторов на юге. Прилагательное красный в древнерусском языке означало не только цвет, но и «красивый», «парадный», «лучший». Село с таким названием часто выделялось среди окрестных: стояло на видном месте, имело богатую церковь или княжескую усадьбу. Фамилия Краснинская, таким образом, буквально значит «происходящая из Красного» или «из рода, владевшего Красным».

Модель образования на -ская/-цкая типична для шляхты Речи Посполитой и для русского дворянства, но в XIX веке её активно перенимало и духовенство: семинаристы нередко получали фамилии по названию своего прихода или села. Если предки Краснинской были священниками, фамилия могла быть искусственно создана при поступлении в семинарию. Если же речь о дворянском роде — она указывает на владение поместьем Красное или Краснино. Вариант с суффиксом -ин- в середине (Краснин-ский) встречается в польской ономастике чаще, чем в великорусской, что может говорить о западнорусских или белорусских корнях.

Встречаемость фамилии сегодня невысокая, что характерно для «штучных» фамилий, привязанных к конкретному роду или местности. Носительницы фамилии Краснинская могут принадлежать к разным ветвям, независимо возникшим в разных губерниях — от Вологодчины до Малороссии. Точное место происхождения можно установить только по архивным документам или генеалогическому древу.