Фамилия Краснодубовы образована от прозвища, а не от церковного имени, что типично для позднего пласта русских фамилий, закрепившихся в крестьянской и казачьей среде. В основе лежит составное прозвище Краснодуб, которое могло возникнуть двумя путями. Первый — топонимический: на территории России и Украины встречаются урочища и сёла с названием Красный Дуб или Красные Дубки. В этом случае прозвище давали человеку, переселившемуся оттуда, — типичная модель для фамилий, указывающих на прежнее место жительства. Второй путь — описательный: прозвище могло указывать на жильё у заметной дубовой рощи, где слово «красный» употреблено в старинном значении «красивый, видный». Модель с суффиксом -ов типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный: она указывает на принадлежность потомков конкретному лицу — Краснодубу. Интересно, что фамилия относительно редкая и не попала в массовые списки дворянских родов, что говорит о её происхождении в среде однодворцев, государственных крестьян или казаков. В документах XVII–XVIII веков подобные составные прозвища (Краснодуб, Белодуб, Чернодуб) встречаются в южнорусских и украинских землях, где дубравы были заметным ландшафтным ориентиром.