Фамилия Краснодубец — редкий пример, где географическое прозвище встретилось с цветовым признаком. Вопреки возможному предположению, корень здесь не «дуб» в значении дерева, а украинское или южнорусское слово «дубець» — прут, розга, молодой побег. «Красный» в старом языке означало не только цвет, но и «красивый», «лучший», «парадный». Таким образом, Краснодубец — это человек, которого прозвали за «красный дубец», то есть за красивый, отборный прут или за нечто, с ним связанное. Прозвище могли дать мастеру, делавшему лучшие розги или плетёные изделия, либо, в ироничном ключе, тому, кого часто наказывали таким прутом.

Фамилия образована с помощью типичного украинского суффикса -ец, который указывает на принадлежность к чему-либо или носителя признака. Модель «прилагательное + существительное + -ец» характерна для прозвищ, которые затем переходили в фамилии без изменений. В русских говорах форма могла бы звучать как «Краснопрутов», но украинская основа «дубець» сохранилась в чистом виде. Это указывает на то, что фамилия сложилась на территории современной Украины или в южнорусских регионах с сильным украинским влиянием (Курская, Воронежская, Белгородская области).

В отличие от более частых фамилий вроде «Краснодубов» (где корень «дуб»), Краснодубец сохраняет уменьшительно-пренебрежительный оттенок исходного слова. Носитель фамилии мог быть сыном или потомком человека по прозвищу Краснодубец, причём прозвище закрепилось за ним как единственное, без патронимического суффикса. Среди старых записей эта фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании — вероятно, в одном-двух сёлах или хуторах, откуда она и разошлась.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «цветочных» прозвищ с конкретным предметом: Черноножец, Белоплечец, Синеглазец. Однако Краснодубец выделяется тем, что его основа — не часть тела или одежда, а орудие или материал. Возможно, предок был корзинщиком, плёл из ивовых прутьев, которые назывались «дубцы», или же был известен тем, что ходил с красной (красивой) палкой-посохом. В любом случае, фамилия не про дубраву, а про рукотворную вещь.