Фамилия Краснояружская — географическая, то есть образована от названия местности, откуда был родом её первый носитель. В основе лежит прозвище Краснояружский, а оно, в свою очередь, происходит от топонима Красная Яруга — посёлка (ныне посёлок городского типа) в Белгородской области, административного центра Краснояружского района.

Название «Яруга» в славянской топонимике означает «глубокий овраг» или «балка» с крутыми, поросшими лесом склонами. Слово живёт в южнорусских говорах и часто встречается в названиях сёл и урочищ. Определение «Красная» в данном случае — не цвет, а древнее значение «красивая», «хорошая», «парадная». В Древней Руси «красный» означало «красивый, лучший», так что Красная Яруга — это «красивый овраг» или «хорошее место у оврага».

Первое упоминание поселения Красная Яруга относится к 1681 году. В 1874 году известный сахарозаводчик И. Харитоненко построил здесь сахарный завод, что превратило село в промышленный центр. Вполне вероятно, что основатель рода Краснояружских был выходцем из этого населённого пункта — либо крестьянином, переселившимся в другую губернию, либо служилым человеком, получившим прозвище по месту прежней службы или жительства.

Фамилия образована по типичной модели: от названия места через суффикс -ск- (Краснояружский) и далее по женскому роду — Краснояружская. Такие фамилии на -ский/-цкий в старину чаще носили дворяне и духовенство, но на юге России их могли давать и крестьянам, переселившимся из одного села в другое. Таким образом, фамилия Краснояружская — не случайный набор звуков, а точный географический маркер, указывающий на корни в Белгородской чернозёмной полосе.