Фамилия Краснояруженская — одна из тех, что выдают географическое происхождение своего первого носителя. В основе лежит название населённого пункта: скорее всего, села, хутора или посёлка с именем Красный Яр. В русской топонимике «яр» — это крутой обрывистый берег реки, овраг, а «красный» в старом значении — красивый, хороший, либо указывающий на цвет почвы. Таким образом, Краснояруженский — это «тот, кто родом из Красного Яра». Суффикс -ск- в таких фамилиях типичен для дворянских и мещанских родов, образованных от названия поместья или места жительства: так появлялись фамилии у переселенцев, казаков и духовенства.

Окончание -ая указывает на женскую форму. Фамилия Краснояруженская — это вариант для женщины, тогда как мужская форма будет Краснояруженский. Такая модель характерна для восточнославянских фамилий на -ский/-цкий, которые склоняются как прилагательные. В документах XIX — начала XX века женская форма часто фиксировалась по мужу или отцу: например, жена Краснояруженского становилась Краснояруженской.

Топоним Красный Яр — один из самых распространённых в России. Такие сёла есть в Самарской, Астраханской, Волгоградской, Саратовской областях, в Красноярском крае, на Алтае и в Сибири. Поэтому установить точную «малую родину» предков без дополнительных генеалогических данных невозможно. Но ясно, что фамилия возникла на юге или юго-востоке европейской России, где яр — частое обозначение речных обрывов, а слово «красный» в топонимах нередко означало «главный» или «красивый».

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень краснояр- (от названия), суффикс -уж- здесь не морфема, а часть основы — на самом деле это слияние корня с суффиксом прилагательного -ск- и фамильным окончанием. Форма «Краснояруженская» (с буквой «у» после «р») — это фонетический вариант от «Красноярская»: в разговорной речи между корнем «яр» и суффиксом «-ск-» могла появляться вставная гласная для удобства произношения, что дало «Яруженский». Аналогичные переходы встречаются в фамилиях от названий на -яр: Семияружный, Белояружный.

В сословном отношении носители фамилии могли быть как казаками (в областях Войска Донского или в Сибирском казачьем войске), так и крестьянами-переселенцами, получившими фамилию по месту приписки. Встречается она и среди духовенства — в семинариях ученикам часто давали фамилии по названиям сёл, откуда они родом. Таким образом, Краснояруженская — не случайное прозвище, а точный топонимический маркер, указывающий на то, что предки жили у обрывистого красного берега.