Фамилия Красножоненко — один из тех случаев, когда украинская модель образования фамилий (суффикс -енко, означающий «сын» или «потомок») накладывается на древнее славянское прозвище. Буквально Красножоненко — это «сын Красножона», то есть человек из рода того, кого звали Красножон.

Само прозвище Красножон, от которого всё пошло, восходит к словосочетанию «красная жена». Здесь важно помнить, что у восточных славян прилагательное «красный» имело два основных значения: «красивый» и «рыжий». Первое значение было связано с культом верховного бога Рода и общим восприятием красного как цвета жизни и красоты. Второе — просто указывало на цвет волос. Таким образом, прозвище Красножон мог получить мужчина, чья жена либо славилась красотой, либо была яркой рыжеволосой женщиной. В условиях, когда личные имена не всегда были обязательны в быту, такое меткое прозвище легко закреплялось за человеком и передавалось детям.

Суффикс -енко характерен для Поднепровья, Левобережной Украины и южных регионов. Он указывает на формирование фамилии в XVI–XVII веках, когда патронимические прозвания (по отцу) стали наследственными. Красножоненко — не исключение: это типичная украинская фамилия, которая, скорее всего, возникла в среде казачества или крестьянства. В официальных документах прозвище отца (Красножон) закрепилось как фамильная основа, а суффикс -енко окончательно оформил принадлежность к роду.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму прозвища, которое не связано с ремеслом или местностью, а описывает конкретную семейную черту — красоту или необычную внешность супруги. Это редкий случай, когда фамилия несёт в себе комплимент, адресованный женщине из рода предков.