Фамилия Краснюк образована по распространённой восточнославянской модели — от прозвища Красный с помощью суффикса -ук/-юк. В украинской и белорусской традиции этот суффикс указывал на принадлежность: Краснюк буквально означал «сын Красного» или «потомок того, кого прозвали Красным». В отличие от фамилий на -ов (Краснов), которые чаще встречаются на севере и востоке, форма на -ук типична для западно- и южнорусских земель, особенно для Украины и юга России.

Само прозвище Красный в древнерусском языке имело несколько значений. Основное — «красивый, прекрасный» (отсюда «красна девица», «Красная площадь»), но также «рыжий, румяный» или «хороший, добротный». В народной среде прозвище могли дать человеку с яркой внешностью — рыжими волосами, румянцем — либо тому, кто славился красотой или мастерством. Не исключён и более прозаичный вариант: прозвище закреплялось за обладателем красной одежды, что в старину было заметной приметой.

Суффикс -ук в фамилиях такого типа (ср. Гончарук, Ковальчук, Бондарчук) нередко указывает на украинское происхождение носителя. В польском и белорусском языках этому суффиксу соответствуют -uk и -ik. Таким образом, Краснюк — типичная фамилия украинской ономастической зоны, хотя встречается и в русских говорах южных областей.

Встречаются и другие варианты написания — Краснёк, Красниченко, но Краснюк остаётся наиболее устойчивой формой. С течением времени прозвищное значение стёрлось, и фамилия закрепилась как наследственная, передаваясь от отца к сыну без связи с внешностью предка.