Фамилия Красоня — редкий пример фамилии, образованной не от стандартного суффикса -ов или -ин, а с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -оня. В русских фамилиях такой формант встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, данное с оттенком нежности, иронии или просто как бытовое именование человека по характерному признаку.

Основа фамилии — «крас-», которая в древнерусском языке означала не только цвет, но и красоту, великолепие, украшение. Отсюда «красный» в значении «красивый» (вспомните «красна девица» или «Красная площадь» — красивая площадь). Таким образом, Красоня — это человек, которого прозвали «красотулечкой», «красавчиком» или, возможно, с долей шутки — того, кто слишком много времени уделял своей внешности или просто выделялся приятной наружностью.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась за одним человеком в небольшой крестьянской или мещанской среде, где прозвища были личными, а не родовыми, и лишь потом, при переходе к обязательным фамилиям в XIX веке, перешла к его потомкам. В отличие от фамилий на -их/-ых (Красных), которые указывают на принадлежность к целому роду, Красоня — это именование конкретного лица.

Географически фамилия Красоня встречается крайне редко, преимущественно в западных и южных регионах бывшей Российской империи (Белоруссия, Украина, юг России), где суффикс -оня более характерен для местной народной речи. В центральных и северных районах России предпочтение отдавали бы форме Красотин или Красавин.

Если у этой фамилии и есть параллель, то это, например, фамилия Красюк (с украинским суффиксом -юк) или Красовский (с польско-шляхетским окончанием). Но Красоня стоит особняком — она звучит ласково и по-домашнему, сохраняя оттенок личного, почти семейного прозвища, которое когда-то дали одному конкретному «красавчику» в деревне.