Фамилия Кратенкова — женская форма, мужской вариант — Кратенков. В основе лежит прозвище или мирское имя Кратень, Крат, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Кратеня». В русской ономастике фамилии на -ов/-ев типичны для центральных и северных регионов, но с такой основой они встречаются редко, что делает Кратенковых носителями не самой распространённой фамилии.

Корень «крат» в русских говорах многозначен. Самое прямое значение — «короткий», «невысокий» (ср. церковнославянское «краткий»). Прозвище Кратень могли дать человеку невысокого роста или тому, кто говорил сжато, лаконично. Однако есть и менее очевидная версия: в псковских и тверских говорах «кратень» означало «кусок», «обрубок» или «небольшой отрезок ткани» — такое прозвище мог получить портной или мастер, работавший с лоскутами.

Вероятно также, что Кратень — это уменьшительная форма старинного нецерковного имени Крат, которое в свою очередь могло быть сокращением от двухосновных имён вроде Кратомир или Кратослав (от греч. «кратос» — сила, власть). Но эта гипотеза слабее: такие имена не были распространены на Руси, и скорее всего мы имеем дело именно с прозвищем по внешности или ремеслу.

Географически фамилия Кратенковы встречается в Центральной России, особенно в Тульской, Калужской и Рязанской областях, а также в Белоруссии. В документах XVII века упоминаются крестьяне Кратеневы из-под Тулы, что подтверждает прозаическое, неродовитое происхождение фамилии. Никаких дворянских родов Кратенковых не зафиксировано — предки были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми.

Примечательно, что фамилия сохранила древнюю форму с суффиксом -енк- (не путать с украинским -енко). В русской традиции -еня, -ень — это ласкательные или уменьшительные суффиксы, так что Кратень — это «коротышка» или «малыш» в добром смысле. Со временем это прозвище закрепилось за родом, и потомки уже не ассоциировали его с ростом или ткачеством, а просто носили как родовое имя.