Фамилия Крестильникова — одна из тех, что сразу выдают церковное происхождение, но не через имя святого, а через должность. Её основа — слово «крестильник». Так в старину называли человека, который крестил младенцев, то есть восприемника, или крёстного отца. В церковной практике это лицо, принимающее ребёнка из купели, и роль эта считалась почётной и духовно ответственной.

Словообразовательная модель фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ник указывает на лицо по действию (как «молитвенник», «труженик»), а затем к основе «Крестильник» добавился суффикс -ов, образующий фамилию по отцу или главе семьи. Получается, что Крестильников — буквально «сын крестильника» или «принадлежащий крестильнику». Женская форма Крестильникова, соответственно, означает жену или дочь такого человека.

Интересно, что эта фамилия почти не имеет аналогов среди массовых русских фамилий. Сравните с распространёнными Крестовыми или Крещёнными — там корень иной. Крестильниковы — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не ремесло, а конкретная обрядовая роль. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был не священником (для них характерны фамилии на -ский), а мирянином, которого община уважала настолько, что закрепила за ним прозвание по его церковной службе.

Географически фамилия встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где долго держались старые церковные обычаи и где фамилии часто закреплялись не через помещиков, а через приходские списки. Встречается она и в старообрядческой среде, где роль крестильника (наставника, совершающего таинство) была особенно важна из-за нехватки священников.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость. Скорее всего, она возникла не в дворянской или купеческой среде, а среди крестьян или посадских людей, где прозвище по церковной должности было естественным способом выделить человека в общине.