Фамилия Крестина в своей основе содержит слово «крест». Чаще всего прозвище Крестин давали человеку после обряда крещения — либо в честь самого церковного таинства, либо в память о том, что он крестил кого-то (например, был крёстным отцом). Так что предок носителей этой фамилии, скорее всего, получил своё прозвище по важному событию в жизни — собственному крещению или роли восприемника.

Формально фамилия Крестина образована по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Крестин, то есть сын или потомок Крестина. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где притяжательные формы на -ин широко бытовали. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге, вариант Крестин/Крестина характерен для регионов с более древней новгородской колонизацией.

Интересно, что фамилия Крестина не имеет отношения к женскому имени Кристина — это ошибочное сближение. В основе лежит именно прозвищное имя Крестин, а не заимствованное христианское имя. Редкий суффикс -ин при основе «крест» делает фамилию отличной от более распространённой Крестов или Крестовский — те образованы от топонимов или названий местности, тогда как Крестина прямо указывает на личное прозвище.

Среди однокоренных фамилий встречаются Крестин, Крестинин, Крестинский — все они восходят к тому же корню, но различаются по способу образования. Крестина — самая простая и прямая форма, без дополнительных суффиксов, что говорит о её раннем происхождении. В старинных переписных книгах, например, по Новгородской губернии, можно найти крестьян с прозвищем Крестин, что подтверждает бытовой, а не церковный характер имени.