Фамилия Крестинков — редкий случай, когда прозвище дали не по ремеслу, не по внешности и не по имени отца, а по месту рождения или жительства, связанному с крестом. В основе лежит не слово «крест» напрямую, а топоним Крестники или Крестинки — так называли деревни и хутора, стоявшие у придорожного креста, на перекрёстке дорог или возле часовни. В писцовых книгах XVI–XVII веков такие названия встречаются в новгородских, тверских и псковских землях: Крестцы, Крестниково, Крестинская. Жителя такой деревни в документах записывали как «крестинский», а в быту — Крестинков, то есть «выходец из Крестинок».

Суффикс -ов в фамилии не отцовский (не «сын Крестинка»), а скорее адъективный, указывающий на принадлежность к местности. По той же модели образованы фамилии Городничев, Дубков, Луговков — от названий урочищ. Встречается и параллельная форма Крестинский, типичная для дворянских и духовных родов, но Крестинков — вариант простонародный, крестьянский или мещанский.

Версия о происхождении от прозвища Крестинка (человек, носивший крест, крестившийся истово) менее правдоподобна: прозвища с суффиксом -инк- в русской антропонимии почти не встречаются. Если бы основой было личное имя или качество, фамилия звучала бы как Крестов или Крестин (сравните: Хлебников — от хлебник, а не от хлеб). Связь с крестильным обрядом («крестинки») тоже маловероятна: от названия обряда фамилий не образовывали.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и метриках Крестинковы фиксируются преимущественно в Тверской губернии, а также в южных уездах Новгородской. В XIX веке часть носителей переселилась на Урал и в Сибирь — в переписях начала ХХ века Крестинковы встречаются в Тобольской и Томской губерниях. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для фамилии, вышедшей из крестьянской среды.

Написание с буквой «н» перед суффиксом — ключевая примета: Крестинков, а не Крестиков. Если встретите вариант Крестенков — это диалектное произношение или описка писаря, но корень тот же.