Фамилия Крестенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от имени Христя. Вероятно, Крестенко — вариант фамилии Христенко или Кристенко, которые образованы от имени Христя — производной формы имён Христофор (от греческого «несущий Христа»), Христиан («христианин») или Христодул («раб, слуга Христа»). Менее вероятно, что фамилия Крестенко имеет искусственное происхождение, то есть была придумана намеренно в среде духовенства. Все семинарские фамилии, образованные от основы «крест», в том числе, возможно, и фамилия Крестенко, чаще всего давались в честь церковного праздника Воздвижения Честного Креста Господня. Очевидно, что первоначально эта фамилия имела более традиционное для семинарской среды звучание – Крестов. Однако под воздействием распространённого на Украине фамильного суффикса -енко фамилия Крестов приобрела новый облик – Крестенко. Поэтому Христенко буквально понималось как «сын Христи».