Фамилия Кресткова образована от прозвища или нецерковного имени Кресток, а то и напрямую от слова «крест». В основе лежит не столько религиозный символ, сколько конкретное занятие или внешняя примета. Самый прямой путь — прозвище человека, который делал кресты: плотника-крестовика, резчика по дереву или мастера, ставившего придорожные и кладбищенские кресты. В русских говорах «крестком» называли и нательный крестик, и крестообразную деталь в устройстве ткацкого стана, так что прозвище мог получить и ткач.

Суффикс -ов- в фамилии Крестков указывает на типичную патронимическую модель: «чей?» — «Крестков» означает «сын Крестка» или «из семьи Крестка». Форма Кресткова — женский вариант, который закрепился в документах за женой или дочерью. Такое окончание встречается сплошь и рядом, но сама основа «Крестк-» встречается реже, чем фамилии от полной формы «Крестов» или «Крестинский». Это делает Крестковых более локальной, возможно, северорусской фамилией: в новгородских и вятских писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищами от «крест», а суффикс -ок как раз характерен для обиходной речи тех мест.

Менее вероятная, но не исключённая версия — происхождение от географического названия. В России есть несколько деревень с названием Крестки (например, в Псковской и Тверской областях). Тогда Крестков — это «выходец из Крестков», и фамилия закрепилась за переселенцем. Однако такая модель обычно даёт фамилии на -ский, а не на -ов, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Кресткова встречается в основном среди крестьян и мещан центральных и северных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она оставалась в простонародной среде, что подтверждает её «ремесленное» или прозвищное происхождение. Сегодня носители фамилии рассеяны по всей России, но наибольшая плотность сохраняется в Кировской и Нижегородской областях — там, где крестьянские прозвища чаще всего переходили в фамилии без изменений.