Фамилия Крестовникова — женская форма от мужской Крестовников, и её происхождение напрямую связано с русским словом «крестовник». Так в старину называли не просто человека с крестом, а конкретного мастера — того, кто делал кресты. Речь идёт не о ювелирах или иконописцах, а о резчиках и столярах, изготавливавших нательные и могильные кресты. В некоторых диалектах «крестовником» именовали и того, кто нёс крест во время крестного хода, но прозвище по ремеслу — самая вероятная основа.

Модель образования типична для русского XVI–XVII века: основа «крестовник» плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Крестовника). Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что исходное слово оканчивалось на твёрдый согласный. В отличие от фамилий вроде Крестовский, связанных с топонимами (село Кресты), Крестовниковы происходят не от места, а от занятия или прозвища конкретного человека.

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев, где изготовление крестов считалось особым благочестивым делом. Однако документальных подтверждений этому нет. В дореволюционных справочниках Крестовниковы встречаются среди купечества и мещанства — например, в Калужской и Тверской губерниях, но сословная привязка не была жёсткой: крестьянские ветви тоже существовали.

С точки зрения ономастики, фамилия редкая: она не вошла в массовые списки «говорящих» фамилий вроде Кузнецов или Попов, потому что само слово «крестовник» вышло из активного употребления. Человек с фамилией Крестовникова может с уверенностью сказать, что её корень — не в метафоре, а в конкретном деле: кто-то из предков зарабатывал на жизнь изготовлением крестов или нёс их в церковной процессии.