Фамилия Крисаненкова — редкая и сразу обращает на себя внимание нестандартным суффиксом. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев, -ин или -ский. Форма на -енков, а в женском варианте -енкова, характерна в основном для южнорусских и украинских земель, откуда, скорее всего, и род носителей. Мужской вариант — Крисаненков.

В основе фамилии лежит личное имя Крисан. Это народная, разговорная форма канонического крестильного имени Хрисанф (от греческого chrysanthēs — «златоцветный», то есть золотой цветок). В русской традиции имя Хрисанф упрощалось до Крисан или Крисантий. Подобная трансформация — обычное дело: сложные греческие имена в быту сокращали и «обкатывали» до удобного звучания.

Суффикс -енк(ов) указывает на происхождение от отчества: «чей сын?» — Крисаненков, то есть сын Крисанена. А форма Крисанен — это уже ласкательное или обиходное производное от Крисан. Получается цепочка: крестильное имя Хрисанф → народное Крисан → уменьшительное Крисанен → отчество Крисаненков → фамилия.

В отличие от фамилий на -ов, которые часто закреплялись за дворянами и служилыми людьми, фамилии на -енков долгое время оставались принадлежностью крестьян и мещан, особенно в Курской, Воронежской, Орловской губерниях и на Слобожанщине. Предки Крисаненковых, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — особым сословием, которое сочетал черты крестьян и мелких землевладельцев.

Встречается также вариант написания с одной «н» — Крисаненков, но он менее точен: исходное имя Крисан даёт основу для суффикса -енк- без удвоения, и форма с двумя «н» возникает скорее под влиянием распространённых фамилий вроде Иваненков, где «н» принадлежит и корню, и суффиксу. Поскольку в имени Крисан вторая «н» не является корневой (корень — Крисан-), написание Крисаненков более последовательно с точки зрения словообразования.