Фамилия Крлыков — редкий случай, когда написание расходится со звучанием. На слух она почти неотличима от гораздо более распространённой фамилии Карлыков, но именно буква «р» без следующей за ней гласной создаёт труднопроизносимое стечение «крл». Скорее всего, перед нами не оригинальная форма, а результат искажения при записи в документах — описка писаря или сознательное упрощение. Вероятная исходная фамилия — Карлыков, от тюркского имени или прозвища Карлык, которое могло означать «снежный» (от «кар» — снег) или указывать на принадлежность к одному из тюркских племён. В русском языке такое имя легко превращалось в прозвище для человека со светлыми волосами или белой кожей.

Если же форма Крлыков не является ошибкой, то её основа — необычный корень «крл». В русском языке нет слова с таким корнем, но можно предположить, что это сокращение от «коротал» или «коротать» — прозвище Коротай давали тому, кто любил коротать время в разговорах или безделье. При быстром произношении «Коротай» могло редуцироваться до «Кртай», а затем — до «Крл». Однако эта версия менее надёжна, так как требует нескольких фонетических переходов.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Крлыков — сын или потомок человека по прозвищу Крлык. Географически фамилия крайне редка, и если не считать случайных описок, её носители, вероятно, сосредоточены в южных регионах России или в Поволжье, где сильны тюркские влияния. В любом случае, Крлыков — это пример того, как одна буква может превратить привычную фамилию в загадку для этимолога.