Фамилия Кручини происходит от прозвища или нецерковного имени Кручина. В древнерусском языке слово «кручина» означало «печаль, тоска, горе, скорбь». Так могли назвать невеселого, задумчивого человека или того, кому в жизни выпало много испытаний. Впрочем, имя Кручина могло быть и охранительным: родители давали его ребенку, чтобы злые силы думали, будто он никому не нужен и не представляет ценности, — такой оберег от сглаза.

Фамилия образована по самой распространенной в русской ономастике модели: к основе на -а присоединен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Кручинин — буквально «сын Кручины». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кручи́нин, хотя в бытовой речи встречаются варианты.

В исторических документах фамилия встречается с XVI–XVII веков. В переписных книгах Новгородской и Вологодской земель упоминаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Кручина. Позже фамилия закрепилась в центральных и северных губерниях России, особенно в Ярославской, Костромской и Вологодской областях. Встречается она и у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные прозвища.

Родственные фамилии — Кручинин, Кручинкин, Кручинов, Кручинский. Все они восходят к той же основе, но различаются суффиксальным оформлением. Кручини — форма без суффикса -ин, встречающаяся реже, иногда как вариант написания или как усеченная форма от Кручинин.

Среди носителей фамилии были крестьяне, ремесленники, купцы. В дворянских родословных книгах Кручинины не значатся — сословно фамилия преимущественно крестьянская и мещанская. В XX веке она не утратилась, но остается редкой: по данным современных справочников, в России насчитывается не более нескольких сотен человек с такой фамилией.