Фамилия Крупенников образована от прозвища Крупенник. В основе лежит слово «крупеник» или «крупенник» — так в старину называли кашу из круп, а также пирог с крупой. Скорее всего, прозвище относилось к числу «профессиональных» именований: Крупенником могли назвать того, кто варил кашу, торговал крупой или делал крупу. В некоторых говорах «крупенником» называли крепкого, коренастого человека — от слова «крупный» в значении «сильный, широкоплечий». Интересно, что в диалектах встречается и обратный смысл: так могли прозвать человека нездорового, с каким-либо увечьем, то есть «рассыпчатого», некрупного. Возможна и связь с названием растения — крупеник (просвирник), но это менее вероятно.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: Крупенников — сын Крупенника. Встречается эта фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Тульской, Рязанской и Орловской областях, что косвенно подтверждает её связь с земледельческим бытом и традиционной кухней. Потомок человека, обладающего прозвищем Крупенник, со временем получил фамилию Крупенников — и это имя, хоть и редкое, сохранило память о ремесле, внешности или кулинарном навыке предка.