Фамилия Крупенникова образована от прозвища Крупенник. Чаще всего такие именования относились к числу «профессиональных» — то есть указывали на род занятий человека. В основе лежит слово «крупа». Крупéнником в старину называли торговца крупой или того, кто её производил: молол, веял, просеивал. В крестьянском и купеческом быту это было вполне конкретное ремесло, особенно в районах, где сеяли гречиху, овёс и ячмень.

Однако у прозвища могло быть и другое, переносное значение. Крупенником нередко дразнили человека сильного, плотного, широкоплечего — «крупного» телосложения. В говорах слово «крупный» означало не только размер, но и здоровье, основательность. Но существовала и противоположная версия: так могли назвать человека хилого, нездорового, как бы «рассыпчатого», словно крупа. В народной этимологии иногда встречается ироничное переосмысление — крепкий с виду, но слабый внутри.

Фамилия образована по стандартной русской модели: сначала прозвище Крупенник, затем фамилия на -ов/-ев или -ин. Форма Крупенникова — женская или родительная от мужской Крупенников. Суффикс -ник типичен для названий профессий и лиц по характерному признаку, что подтверждает ремесленную или прозвищную основу.

В ономастических справочниках фамилия Крупенников (и её женский вариант) не относится к числу широко распространённых. Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских областях, где было развито зерновое хозяйство. Редкость фамилии говорит о том, что прозвище было локальным — либо узкопрофессиональным, либо привязанным к конкретной местности и диалекту.