Фамилия Крупеникова — женская форма, а мужская, Крупеников, образована по типичной русской модели с суффиксом -ов. В основе лежит прозвище или ремесленное имя Крупеник, которое, в свою очередь, происходит от слова «крупа». В русских говорах «крупеником» называли того, кто занимался изготовлением или торговлей крупой — молол зерно, возил его на базар, держал лавку. В отличие от фамилии Крупеников, которая могла быть просто отчеством (сын Крупеника), форма на -ова закрепилась за женщинами в семье: жена, дочь или вдова Крупеникова.

Интересная деталь: в некоторых регионах, особенно на севере и в Сибири, слово «крупеник» имело и другое значение — так называли густую кашу или пирог с крупой. В этом случае прозвище могло закрепиться за любителем такого блюда или за хозяйкой, которая его особенно хорошо готовила. Но вероятнее, что предок носителя фамилии был связан с переработкой зерна: крупяное дело в крестьянской среде было распространённым промыслом, и прозвище давали не столько за любовь к каше, сколько за конкретный род занятий.

Словообразовательный разбор показывает, что суффикс -ник указывает на деятеля или носителя признака. Это типичная модель для русских фамилий от прозвищ по профессии: Мельников, Печников, Скорняков. Крупеников стоит в том же ряду. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кру́пеникова, хотя в некоторых семьях может звучать и Крупени́кова — это зависит от местного говора.

Фамилия не относится к числу очень редких, но и не массовая. Встречается в центральных областях России, на Урале и в Поволжье — там, где традиционно сеяли гречиху, просо и овёс. В дворянских родословных она не зафиксирована, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В советское время фамилия могла утратить связь с исходным значением, но её прозрачная этимология до сих пор даёт ключ к роду занятий предка.